Первая, самая известная, была связана с Падуей и итальянскими университетами. Ее представители акцентировали внимание на сущности аристотелевского учения, выявлении подлинной позиции философа, лежащей вне тех многочисленных слоев интерпретации, которые накопились за долгие столетия. Их, прежде всего, интересовал поиск «истинного» Аристотеля, а не истина как таковая. Вторая школа, первоначально заявившая о себе в Парижском университете, а затем распространившаяся по всей Северной Европе и получившая особую поддержку иезуитов, была более традиционной. Ее представители, не отвергая методов гуманистов в целом, считали своей главной задачей критический анализ сочинений Аристотеля. Что, возможно, сказал или не сказал философ, на их взгляд было малоинтересно, важнее всего было познакомить студентов с теми выводами, к которым неизбежно пришел Аристотель, для чего привлекался интерпретационный аппарат арабских и христианских ученых. Вначале более инновационной и радикальной казалась школа Падуи, так как экзегетический метод служил прикрытием для философских положений, противоречащих католической догматике, в особенности материалистической концепции души. Однако в долгосрочной перспективе парижская школа внесла больший вклад в развитие западной философии.

Иезуитам принадлежит серия критических, а часто и творческих комментариев по поводу наследия Аристотеля, сыгравших заметную роль в становлении рационализма XVIII в. Если представители падуанской школы в значительной мере игнорировали «Метафизику» Аристотеля, то иезуиты считали ее основой рационального исследования природы Бога. Особого упоминания заслуживают публикации конца XVI - начала XVII в., связанные с португальским университетом Коимбры. Получив широкую известность во всей Европе, они стали отправным пунктом как для католической, так и протестантской традиции толкования сочинений Аристотеля.

Особенно заметную роль сыграли опубликованные в 1597 г. «Метафизические рассуждения» Франсиско де Суареса (1548-1617), преподававшего перед своим приездом в Португалию в университетах Рима и Алкалы (рис. 41). «Метафизические рассуждения» были опубликованы в разных странах, что инспирировало появление целого ряда других учебников по метафизике, особенно в лютеранской Германии, и придало вопросу о бытии статус философской проблемы.