Несмотря на критику гуманистов, перемены в изучении философии носили ограниченный характер. В XVI - первой половине XVII в. курс по-прежнему состоял из четырех частей и оставался аристотелевским по своему содержанию. Правда, в большинстве протестантских университетов был наложен запрет на изучение метафизики, но решение это оказалось временным: примерно с 1600 г. преподавание метафизики возобновляется. Столь же безуспешной оказалась попытка включить в учебный процесс недавно обнаруженные сочинения Платона, изучение которых, как считали, к примеру, иезуиты, могло оказать негативное влияние на молодые умы из-за того, что его рассуждения не укладывались ни в чисто языческую, ни в христианскую концепцию. В результате кафедры философии Платона удалось создать только в конце XVI – начале XVII в. и лишь в четырех итальянских университетах - Пизы, Феррары, Рима и Павии. В тех же случаях, когда студент изъявлял желание ознакомиться с альтернативной философской традицией, он мог сделать это в частном порядке или в рамках тъютерской системы Оксбриджа. Традиции платонизма заметно поддерживались в английских университетах; так, в середине XVII в. в Кембридже вокруг платоников Ральфа Кедворта (1617-1688) и Генри Мора (1614-1687) сформировалась настоящая научная школа (рис. 40).

Что в действительности претерпело радикальное изменение в период раннего Нового времени, если не считать замену учебника Петра Испанского более простыми «Универсалиями» Порфирия (ок. 234 - ок. 305), так это метод философской экзегезы. Произведения Аристотеля продолжали доминировать, но изменилось представление о способе их изучения: университетские профессора пришли к выводу, что к сочинениям аристотелевского корпуса нельзя подходить как к некой обширной шахте, доверху набитой драгоценными камнями, и по собственной прихоти извлекать один из этих камней, отполировывать и демонстрировать другим. Согласно новому подходу, труды Аристотеля следовало воспринимать как связанное целое, выделять главные аргументы, исследовать их один за другим, подробно останавливаясь только на наиболее важных. Кроме того, университетские реформаторы определили период времени, отводимый на изучение каждого сочинения. В результате к 1600 г. продолжительность курса философии редко превышала 2-3 года, было достигнуто относительное единообразие в характере преподавания. Однако платой за нововведения стало то, что новый метод толкования ориентировал на пересказ материала преподавателем, а не на оригинальное изложение.